Nelle biblioteche del sistema sono presenti alcuni fondi di particolare pregio.
Segnaliamo in particolare:
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Fondo Monsignor Spirito Colombo (Biblioteca di Brenna):Include monografie cartacee ed enciclopedie di arte, musica, archeologia, storia, storia locale, religione, donate alla biblioteca dal 1981 al 1998, circa 750 documenti.Nel 2022, grazie al contributo ottenuto dal Sistema Bibliotecario della Brianza Comasca da parte del Ministero della Cultura nell'ambito del Fondo per la promozione della lettura, della tutela e della valorizzazione del patrimonio librario sono stati recuperati 80 volumi, principalmente monografie d’arte, mentre la rimanente parte del patrimonio è risultato in parte deteriorato o dovrà essere sottoposto ad ulteriori valutazioni più approfondite per un recupero futuro.
Si segnalano i seguenti fondi catalogati nell'ambito del Progetto di recupero di fondi storici e di pregio del Sistema Bibliotecario della Brianza Comasca, realizzato grazie al contributo ottenuto dal Sistema da parte del Ministero della Cultura, con Fondo Promozione Lettura 2023:
- Fondo Don Carlo Giussani (Biblioteca di Albese con Cassano): n. 993 libri moderni e n.4 documenti antichi
- Materiale librario antico (Biblioteca di Alzate Brianza): n. 10 libri antichi, di cui n. 5 cinquecentine